Das Forscherteam um Ulrich Elling und Ramesh Yelagandula vom Institut für Molekulare Biotechnologie (IMBA) der Österreichischen Akademie der Wissenschaften (ÖAW) sowie Luisa Cochella und Alexander Stark vom Forschungsinstitut für Molekulare Pathologie (IMP) hat im vergangenen Jahr bereits im ersten Lockdown begonnen, an der Methode zu arbeiten. Herausgekommen ist „SARSeq“ („Saliva Analysis by RNA sequencing“), ein Verfahren, mit dem große Gruppen mit der gleichen Empfindlichkeit auf SARS-CoV-2 getestet werden können wie mit regulären PCR-Tests.
Bis zu 36.000 Proben in weniger als 48 Stunden
Durch die Kombination mit der sogenannten Next Generation Sequencing (NGS)-Technologie, die auch zur Sequenzierung des menschlichen Genoms verwendet wird, können bis zu 36.000 Proben mit hoher Sensitivität und Spezifität in weniger als 48 Stunden verarbeitet werden. Weil jede Probe einen einzigartigen Satz kurzer DNA-Sequenzen erhält und damit wie mit einem Barcode markiert wird, kann - trotz Zusammenführung so vieler Proben - jedes positive Ergebnis von den anderen unterschieden und zu einem Patienten zurückverfolgt werden.
Mit zunehmender Bedeutung von Virus-Mutationen im Verlauf der Pandemie trat ein weiterer Vorteil der Methode in den Fokus: Mit „SARSeq“ kann auch Information über die konkrete Erbinformation des Erregers in jeder Probe gesammelt werden. Das Forscherteam adaptierte daher seine Infrastruktur, um im Hochdurchsatz ganz gezielt Variationen in den ungefähr 2.000 Basen der Spike-Domäne in Proben zu untersuchen. Proben von rund zehn bis 15 Prozent aller Covid-Fälle in Österreich werden mit der Methode auf Varianten untersucht, die damit „das Rückgrat der österreichischen Mutanten-Surveillance darstellt“, so Elling gegenüber der APA.
Test kostet weniger als fünf Euro
Bei der Entwicklung der Methode haben die Wissenschafter darauf geachtet, möglichst nur Reagenzien zu verwenden, um die auf dem Markt kein Konkurrenzkampf herrscht oder die in den Instituten hergestellt werden können, und möglichst nur Geräte zu verwenden, die üblicherweise in Labors verfügbar sind. „Mit unseren Maschinen, selbst hergestellten Enzymen und der Analyse-Pipeline erwarten wir, dass jeder Test weniger als fünf Euro kostet“, erklärte Stark in einer Aussendung.
„Wir haben 'SARSeq' entwickelt, um zu versuchen, die Einschränkungen anderer Tests zu umgehen und Tausende von Proben parallel zu verarbeiten. Es ist nicht nur eine exzellente Methode zum Nachweis von SARS-CoV-2, sondern kann auch auf andere Atemwegserreger wie das Grippevirus, die Erkältungs-Rhinoviren und potenziell viele andere angewendet werden“, erklärte Elling.
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